Как гласит поздняя версия мифа, оформленная Овидием в Метаморфозах, разгневанная Афина превратила Медузу и её сестер в чудовищ после того, как Посейдон овладел Медузой в её храме. По другой версии мифа Эвриала и Сфено решили стать чудовищными монстрами сами из сострадания к судьбе сестры. Медуза была смертной (убита Персеем), Эвриала и Сфено — бессмертны. Сестры дракона Ладона, охранявшего сад с яблоками Гесперид, Фоосы (матери Полифема) и грай. Причислялись к форкидам. Согласно Еврипиду, они охраняли Пуп Земли . На ларце Кипсела было изображено, как они преследуют на крыльях Персея .

Вариант — были детьми Тифона и Ехидны.

П. Фробениус считал, что горгона является символом соединения противоположностей: льва и орла, птицы и змеи, мобильности и неподвижности (как в свастике), красивого и ужасного, порабощая тех, кто осмеливается взглянуть на нее. Как и другие сказочные существа, горгона символизирует множество форм, в которых может проявить себя Создатель. Образ горгоны азделяет общую символику чудовищ, являясь одним из олицетворений хаоса.

Имели тело, покрытое крепкой блестящей чешуей, разрубить которую мог только меч Гермеса, громадными медными руками с острыми когтями и крыльями с золотыми сверкающими перьями. Лица были с острыми, как кинжалы, клыками, а вместо волос извивались, шипя, ядовитые змеи. Жили на крайнем Западе у берегов реки Океан.

Хотя у всех трех младших Горгон вместо волос змеи, только Медуза обладала чудесным даром завораживать людей взглядом (и в положительном, и в отрицательном смысле этого выражения) (по Овидию) и только она одна из трех сестер смертна. Взгляд Медузы обращал в камень. Голова горгоны — см: Горгона Медуза.

Все тело их покрывала блестящая и крепкая, как сталь, чешуя. Ни один меч не мог разрубить эту чешую, только изогнутый меч Гермеса. Громадные медные руки с острыми стальными когтями были у горгон. На головах у них вместо волос двигались, шипя, ядовитые змеи. Лица горгон, с их острыми, как кинжалы, клыками, с губами, красными, как кровь, и с горящими яростью глазами были исполнены такой злобы, были так ужасны, что в камень обращался всякий от одного взгляда на горгон. На крыльях с золотыми сверкающими перьями горгоны быстро носились по воздуху. Горе человеку, которого они встречали! Горгоны разрывали его на части своими медными руками и пили его горячую кровь (Н.А. Кун).

Вероятно, что Медуза и её сёстры-горгоны (Сфено и Эвриала), с их глазами, от которых всё каменеет, даже вода застывает льдом, которые летают на крыльях быстрее ветра, — это духи бури и холодной зимы, которая периодически посещала север Древней Греции (Борей). На их запредельную, подземную, иномирную природу указывает и то, что их породили Форкис (олицетворение моря у древних людей) и Кето, праматерь морских чудовищ, начиная с акул и заканчивая змеедевой Ехидной (женой Тифона, главного врага олимпийцев) и собственно горгонами. Соответственно, горгоны при таких родителях — хтонические чудовища, враждебные олицетворения стихий воды и воздуха. Следует заметить, что горгоны также несколько драконоподобны в своём облике: крылья, клыки в пасти, когти на руках, на теле — практически непробиваемая чешуя, — всё это указывает, что горгоны могут быть дальними родичами таких персонажей, как старая змеиха славянских мифов.

По другой версии (Я. Голосовкера) — горгоны, грайи и другие чудовища греческих мифов являются остатками до-олимпийского пантеона, которые (под воздействием богов олимпийского пантеона) в сознании древних греков постепенно превратились в чудовищ.

Они воплощают опасность, исходящую от далекого неизвестного Запада для обитателей восточных пространств, примыкающих к Средиземному морю.

Гомер упоминает лишь одну горгону, а Гесиод говорит о трех — сестры Стено, Эвриала и Медуза. Стено и Эвриала бессмертны, и лишь Медуза смертна.

В одном из позднейших миф происхождении горгон сказано следующее.

В незапамятные времена сестры Стено, Эвриала и Медуза были красными морскими девами. Увидел однажды горгону Медузу владыка морей Посейдон и полюбил ее. Не понравилось это олимпийцам — слишком красива и горда была Медуза, а соперничество с богами непростительно для простых смертных. Беспечность Медузы и ее счастливый смех вызвали гнев в душе богини-воительницы Афины. Жестоко покарала Афина Медузу и ее сестер, обратив их в крылатых чудовищ.

Укрылись сестры - горгоны на отдаленном острове, затерянном в океане. И люди рассказывали друг другу страшные истории о жестоких и кровожадных горгонах. Все быстро позабыли о былой красоте горгон и с нетерпением ждали, когда же явится герой, который избавит мир от отвратительной Медузы, под взглядом которой все живое становится камнем. Ибо такова была воля Афины.

Победить Медузу выпало герою Персею, сыну Зевса. Боги помогли Персею, оснастив его в дорогу крылатыми сандалиями, шлемом-невидимкой и сумкой, принимавшей размеры и форму предмета, который в нее клали. Афина же одарила героя блестящим круглым щитом.

Стремительно, как птица, полетел Персей над океаном. И вот перед ним скалистый остров, омываемый свинцовыми водами. Мирно спят сестры, не ведая об опасности. Снится им, что снова вольными морскими девами плещутся они в ласковых волнах. Улыбаются во сне горгоны. Сверкают на солнце их золотые перья и чешуя. Шевелятся на головах змеи.
Кружится над островом Персей. Как сразить ему Медузу, если нельзя встречаться с ней взглядом?

И вдруг взгляд героя упал на блестящий щит — подарок Афины. Как зеркало, отражал щит и море, и скалы. Возрадовался Персей. Теперь он сможет сразиться с горгонами. Ринулся юноша вниз. Сверкнул меч, и голова Медузы оказалась в руках Персея. Из шеи обезглавленной Медузы хлынул поток алой крови, и из него — о чудо! — появился крылатый, ослепительно белый конь Пегас и вслед за ним — Хрисаор (Золотой Лук). Взмыли они в синее нес скрылись из виду. Герой бросил голову Медузы в свою сумку и полетел прочь. Проснулись горгоны Стено и Эвриала. Увидели они обезглавленное тело младшей сестры и поняли, что довершила свою месть суровая Афина. С воплем ужаса взмыли горгоны над островом. Они хотели мстить убийце, растерзать его стальными когтями. Но поздно.

Персей, невидимый в своей волшебной шапке, улетел прочь от острова, унося в сумке боевой трофей.

И в отрубленном состоянии взгляд головы горгоны сохранял способность превращать людей в камень. Персей воспользовался головой Медузы в бою с Кето (Китом) — драконоподобным морским чудовищем (и матерью горгон), которое было послано Посейдоном опустошать Эфиопию. Показав лик Медузы чудовищу, Персей превратил его в камень и спас Андромеду, царскую дочь, которую предназначили в жертву Кето. Перед этим он превратил в камень титана Атланта, поддерживающего небесный свод неподалеку от острова горгон, и тот превратился в гору Атлас в современном Марокко.

Позднее Персей таким же образом обратил в камень царя Полидекта и его прислужников, преследовавших Данаю, мать Персея. Затем голова Медузы была помещена на эгиду Афины — в искусстве эту голову было принято изображать на доспехах на плече богини или под ключицами на её груди.

В славянских средневековых книжных легендах она превратилась в деву с волосами в виде змей — девицу Горгонию. Волхву, которому удаётся с помощью обмана обезглавить Горгонию и овладеть её головой, получает чудесное средство, дающее ему победу над любыми врагами. Также в славянских апокрифах — «зверь Горгоний», охраняющий рай от людей после грехопадения. В романе «Александрия» головой овладевает Александр Македонский.

В средневековых книжных легендах владение головой горгоны приписывалось Александру Македонскому, чем объяснялись его победы над всеми народами. В знаменитой помпейской мозаике доспех царя украшен на груди изображением головы горгоны.
Остров Сицилия традиционно считается местом, где жили горгоны и была убита Медуза. Её изображение до сих пор украшает флаг этого региона.
На старинных картах звёздного неба Персей традиционно изображается держащим в руке голову Медузы; её глаз — переменная звезда Алголь (бета Персея).
Голова Медузы в период классицизма и ампира, воскресившего античные мотивы, в том числе и этот — горгонейон, стала традиционным декоративным элементом, сопутствующим военной арматуре в украшении зданий и оград. К примеру, она является очень часто встречающимся мотивом в чугунном и кованном декоре Санкт-Петербурга (Военный декор петербургских мостов) , красуясь, в частности, на ограде 1-го Инженерного моста и решетке Летнего сада.
Горгонейон — голова Медузы стала эмблемой дома Версаче.